La chiesa occupa parte di un terreno, oggi compreso tra le vie del Corso, di Gesù e Maria, del Babuino e di San Giacomo, su cui, agli inizi del XVII secolo sorgeva una villa con giardino di proprietà di Antonio Orsini, nipote del cardinale Flavio Orsini. Il terreno ed i suoi fabbricati furono acquistati dagli Agostiniani scalzi nel 1615, per costruirvi la loro nuova sede romana e la casa per la formazione dei seminaristi. La chiesa fu costruita successivamente all'acquisto, in due epoche diverse; nel frattempo, funzionava una piccola cappella dedicata a sant'Antonio abate, che affacciava su via del Babuino (in corrispondenza dell'attuale chiesa anglicana di All Saints) e che fu in seguito distrutta. La costruzione iniziò con la posa della prima pietra il 3 aprile 1633 e la prima tranche di lavori, su progetto di Carlo Buzio, fu ultimata sul finire del 1635: il 17 gennaio 1636 avvenne il solenne trasloco dalla chiesetta di sant'Antonio alla nuova chiesa, che fu dedicata ai nomi di Gesù e Maria. La chiesa, che mancava della parte finale e della facciata, fu ultimata una trentina di anni dopo, sotto la direzione di Carlo Rainaldi, tra il 1671 ed il 1674: il 28 gennaio 1675 il tempio fu solennemente consacrato, come ricorda una lapide murata per l'occasione in sacrestia. Fra il 1678 ed il 1690 fu messa in opera la decorazione interna dell'edificio sacro ed il suo totale rivestimento in marmo, grazie alla munificenza del vescovo di Rieti, Giorgio Bolognetti. La chiesa è sede del titolo cardinalizio di “Santissimi Nomi di Gesù e Maria in Via Lata”, istituito da papa Paolo VI il 7 giugno 1967.
