La Casa Sollievo della Sofferenza se inauguró el 5 de mayo de 1956. El mundo entero fue informado de este prodigioso evento a través de los Grupos de Oración y la prensa. Quince mil personas acudieron a San Giovanni Rotondo y entre los muchos presentes había numerosas autoridades religiosas, civiles y militares. Su Eminencia Giacomo Lercaro, el cardenal de Bolonia, representó a la Iglesia de Roma. El presidente del Senado Cesare Merzagora y el ministro Giovanni Braschi estuvieron presentes en el Estado. Participó el ministro general de la Orden, el padre Benigno de Sant'Ilario Milanese. Después de la intervención del cardenal Lercaro, el padre Pío pronunció un discurso memorable en el que describió las pautas de su trabajo terrenal.
El mismo Padre Pío llamó a su obra una criatura de la Providencia. Al año siguiente, el Padre Pío le pidió al Papa Pío XII que, tras su muerte, la Sede Apostólica quisiera aceptar como una donación todos los bienes de su trabajo en el hospital. El Santo Padre aceptó la petición.
El hospital tenía doscientas cincuenta camas divididas en departamentos de Cirugía, Urología, Medicina, Cardiología, Ortopedia y Traumatología, Pediatría, Obstetricia y Ginecología. También contaba con los servicios de Radiodiagnóstico, Laboratorio de Análisis y Centro de Transfusión, tres salas de operaciones y una sala de partos. En el día del Corpus Domini, el Padre Pío llevó al Santísimo Sacramento en procesión a todos los departamentos. En otras ocasiones volvió a visitar a los enfermos, a administrar un bautismo o a celebrar misa. Numerosas fueron las actuaciones caritativas a las que el Padre Pío asistió voluntariamente. En poco tiempo, la Casa Sollievo della Sofferenza comenzó a llenarse de personas enfermas que también venían de centros cercanos.
Actualmente, el hospital cuenta con alrededor de 1200 camas divididas entre 30 salas de hospitalización médicas y quirúrgicas, 50 especialidades clínicas con un "catálogo" de aproximadamente 4300 servicios de diagnóstico y terapéuticos.
Hoy hay más de treinta departamentos y especializaciones y al principio eran seis.
Hoy en día, el hospital está administrado por el Vaticano y está reconocido como un Instituto de Hospitalización y Atención en Ciencias (IRCCS), (Decreto de los Ministerios de Salud e Investigaciones Científicas y Universitarias del 16 de julio de 1991), además de realizar actividades clínicas y Además, en contacto directo con el Ministerio de Salud y con los centros de investigación más importantes de Italia y Europa, también se ocupa de la investigación clínica, en particular en el campo de la genética y las enfermedades de la familia eredu. Una clínica ambulatoria moderna y bien equipada con más de sesenta intervenciones especializadas. Fue nombrado después de "Juan Pablo II", en homenaje al Papa Karol Wojtyla, un devoto y amigo del Fraile del Gargano Estigmatizado.
