Levantaba la principal mezquita del Madrid islámico.
No se sabe la fecha exacta de su construcción, pero gracias algunos documentos podemos asegurar que la iglesia ya existía en el siglo XII. San Isidro Labrador fue enterrado en el cementerio de esta iglesia hacia el año 1172 y posteriormente, en el año 1212, se trasladó al interior de la iglesia. Se trata de uno de los templos más antiguos de la capital.
La iglesia cobró importancia hacia el siglo XV cuando los Reyes Católicos la eligieron como capilla Real, e incluso se construyó un pasadizo que conectaba la iglesia con la residencia de los monarcas.
En el siglo XVI se le adosó la Capilla del Obispo, que con el tiempo término siendo un templo independiente. A esta capilla se trasladó en 1535 el cuerpo del santo, lo que dió lugar a disputas entre ambas capellanías, hasta que veinticuatro años después el cuerpo retornó a su emplazamiento original.
El aspecto que tiene la iglesia en la actualidad tiene poco que ver con los planos originales. Su estilo original era mudéjar.
La Capilla de San Isidro
Después de que San Isidro fuera declarado Santo en el año 1622, se construyó una capilla en la Plaza de San Andrés, junto a la iglesia del mismo nombre. Las obras se iniciaron a mediados del siglo XVII, concluyendo en 1669.
Saqueada y parcialmente destruida durante la Guerra Civil Española, fue restaurada posteriormente con algunas modificaciones respecto al edificio original, la parroquia se reconstruyó sobre el espacio de la antecapilla de San Isidro, mientras que sobre lo que había sido la iglesia del siglo XVII, se construyó la nueva casa rectoral. Las obras concluyeron parcialmente en 1966. Se reconstruyó su interior entre los años 1986-1990 por los arquitectos J. Vellés, M. Casariego y F. Posada y en año 1991 se realizaron las últimas reformas.
En 1925 fue declarada monumento nacional.
