En los alrededores hay restos de villas romanas que rememoran la legendaria Segeda, a la que se atribuyó el origen de la ciudad. El territorio que actualmente pertenece a Zafra estuvo encuadrado durante el periodo romano en la Baetica, así como buena parte del sur de la actual provincia de Badajoz y la mayor parte de Andalucía.
En la época medieval Zafra se sitúa en la línea fronteriza que dividía los reinos taifas de Sevilla y Badajoz, por lo que en 1030 se construye con fines defensivos un castillo en la Sierra del Castellar y que el geógrafo hispano-musulmán Al-Bakrí reconocía en 1094 con el nombre de Sajra Abi Hassán. Los árabes nombraron a la ciudad Safra, Çafra, de la cual deriva la actual Zafra.
