Aparece citada en el siglo XII, como construida sobre el solar de una antigua mezquita del siglo XI. Esta mezquita junto con otras de la ciudad fueron utilizadas como iglesias cristianas sin grandes cambios, ya que en la toma de la ciudad no hubo destrucción de edificios. Sin embargo, a principios del siglo XIV, por encontrarse en estado ruinoso fue totalmente reedificada a cargo de Gonzalo Ruiz de Toledo, Señor de Orgaz y se transformó el antiguo alminar de la mezquita en campanario en estilo mudéjar.
Su fama se debe sobre todo por albergar en su interior, el cuadro El entierro del Conde de Orgaz de El Greco, que puede contemplarse accediendo por la parte posterior de la iglesia.
