En el piso debajo de la iglesia se encuentra la cripta del Padre Pio da Pietrelcina, cuyos restos permanecieron en San Giovanni Rotondo para cumplir uno de sus deseos. Bajo un bloque monolítico (en forma de un sarcófago pesado de 30 quintales) de mármol verde de Labrador, colocado debajo del nivel del piso, aproximadamente a un metro y medio, su cuerpo se ha mantenido durante más de cuarenta años. Una placa conmemora las palabras del Padre Pío escritas al alcalde de San Giovanni Rotondo Francesco Morcaldi: "Siempre recordaré a esta generosa gente en mi pobre y asidua oración, implorando por ello paz y prosperidad y como una señal de mi predilección, nada más puedo hacer. , Expreso mi deseo de que, si mis superiores no objetan, mis huesos están compuestos en un rincón tranquilo de esta tierra "(12 de agosto de 1923).
A la izquierda y derecha del altar, así como en la pared de la nave central, las cornisas de mármol no llevan bajorrelieves, sino inscripciones relacionadas con laud de San Francisco. El altar, que consta de una gran mesa de mármol, contiene un precioso Cristo de madera en una caja de cristal, que puede atribuirse a un tallador veneciano de finales del siglo XVI. Se presenta como una obra singular que no carece de calidades de factura. Los trabajos de la cripta fueron llevados a cabo por la firma del Geom. Aldo di Bari sobre el proyecto y la gestión del arquitecto Ugo Iarussi de Foggia. Los motivos de hierro forjado, desde las lámparas de pared, los muebles de madera, las decoraciones y los techos fueron hechos por artesanos de Foggia.
