La iglesia de Santiago fue una de las edificaciones más importantes que se acometieron en Pamplona en el siglo XVI. El convento de dominicos que hoy en día conocemos no fue el primer monasterio que los frailes edificaron en la ciudad, ya que originariamente recibieron en las primeras décadas del siglo XIII a su llegada a la ciudad una pequeña ermita en honor a Santiago, situada en los terrenos que hoy en día ocupa el Palacio de la Diputación, donde radicaba una cofradía para atender y dar acogida a los peregrinos camino de Compostela a su paso por la ciudad. En este lugar erigieron el complejo monástico románico dedicado a Santiago, cuya existencia es segura para el año de 1242, año en el que se celebró en el convento un Capítulo Provincial.
Los dominicos residieron en este convento hasta 1514, cuando fueron expropiados con objeto de erigir sobre dicho solar un castillo, cediéndoles a cambio un solar denominado “el barranco” situado en un extremo de la ciudad, un terreno complejo para edificar, en pendiente. En 1516 el cantero Pedro de Echaburu, natural de Vergara y Pedro de Malpaso, veedor de obras reales, dieron las trazas o planos con los que edificar la iglesia, siguiendo los modelos de templos dominicos edificados en aquellos años, una iglesia de planta de cruz latina con capillas entre contrafuertes comunicadas entre sí, que se cubrió con bóvedas de crucería estrellada. La primera piedra fue colocada en 1520, si bien la necesidad de crear una plataforma sobre la que asentar la iglesia para salvar el desnivel provocó que los trabajos de cimentación se dilatasen en el tiempo. Por ello la iglesia fue acometida por el hijo del referido cantero, Pedro de Echaburu II y Juan de Osés entre los años 1534 y 1543, finalizándose la primera fase constructiva del templo y convento en 1568. A lo largo de la segunda mitad del Quinientos se fueron completando las distintas dependencias del complejo conventual, erigiéndose el claustro entre 1688 y 1703 con la participación del cantero Francisco Ungareta y gracias en gran parte a los donativos del don Juan Ventura Arizcun y Beaumont, barón de Beorlegui. La fachada en piedra se levantó en la segunda mitad del siglo XVIII, presidida por las esculturas de Santo Tomás de Aquino, San Vicente Ferrer y el titular, Santiago apóstol en la versión de peregrino.
